經過多年的發展，離子色譜已經在生產生活的各種領域發揮著重要的作用。
環境分析
離子色譜在其產生初期最重要的應用便是環境樣品的分析，其應用對象主要是環境樣品中各種陰、陽離子的定性、定量分析。
作為一種快速準確而有效果分析方法，離子色譜廣泛應用于微電子、電力工業中高純水、高純試劑痕量雜質的分析。
食品分析
與傳統的分析方法相比，離子色譜法的突出優點是多組分同時進行分析，樣品處理簡單，因此成為食品和飲料中陰陽離子、有機酸、胺和糖類分析的較好方法。
聯用技術
離子色譜聯用技術是離子色譜發展的一個方向。聯用技術的發展，使得離子色譜分析技術的應用范圍和檢測靈敏度有了很大的提高，關于離子色譜--原子吸收（發射）光譜、離子色譜--電感耦合等離子體、離子色--質譜的聯用已有不少報道。
